土木與水利工程學院已有60多年的辦學歷史，學院最初起源于1945年成立的安徽省立蚌埠工業職業學校土木科，1970年安徽水利電力學院水利工程系、水利水電建筑工程、農業水利工程專業并入合肥工業大學建筑工程系，1999年土木工程系、建筑工程系、應用數學力學系的力學學科部分合并，成立土木建筑工程學院，2007年學院更名為土木與水利工程學院。

    土木與水利工程學院設有7個系，9個實驗室和1個計算中心；以及土木工程防災減災安徽省工程技術研究中心、土木工程結構與材料安徽省重點實驗室和工科力學安徽省實驗教學示范中心。現有土木工程、水利水電工程、給水排水工程、建筑環境與設備工程、工程力學、測繪工程6個本科專業；擁有土木工程、水利工程、力學、測繪科學與技術4個一級學科碩士學位授權點；建筑與土木工程、水利工程、測繪工程3個專業（工程）碩士學位授權點；擁有土木工程一級學科博士學位授權點和博士后流動站，以及工程力學博士學位授權點。工程力學、結構工程和巖土工程是安徽省重點學科。土木工程專業是國家級特色專業，也是國家首批“卓越工程師培養計劃”試點專業。目前學院在校全日制本科生2600余人，博士、碩士學位研究生近千人。

    全院現有教職工168人，其中長江學者特聘教授1人，百千萬人才工程入選者2人，安徽省教學名師1人，教授30人，博導10人，副教授55人，講師54人；有專任教師137人，其中博士學位62人，碩士學位67人。